È certo che san Francesco, nel suo peregrinare in terra umbra, passò ad Amelia. In questa città si ricorda la conversione di alcune donne peccatrici da lui operata. Nella località chiamata il “Colle dell’inferno” alcuni fraticelli fondarono il Convento della Ss.ma Annunziata di Michignano e le prime notizie di questo stanziamento risalgono al 1373. Il convento fu uno dei centri più importanti dei “Clareni”, un gruppo di francescani che voleva osservare in modo più radicale la Regola di san Francesco.
Ristrutturato da Angelo Petrignani, il convento passò agli Osservanti nel 1567 e nel 1745 divenne sede di un “Ritiro”, cioè di una comunità di frati i quali vivevano con una maggiore austerità. In questo “Ritiro” si formarono numerosi frati, alcuni dei quali si distinsero per santità di vita, come nel caso di fr. Generoso Maria da Premosello (+ 1804) e di p. Gabriele Maria Obletter (+ 1964).
Nel 1810, la soppressione napoleonica espulse dal ritiro tutti i frati, alcuni dei quali riuscirono però a restarvi, in abito borghese e a mantenere gli orari di vita e di preghiera, sostenuti dalla devozione della cittadinanza amerina; finché l’8 dicembre 1814 poterono tornarvi ufficialmente. Nel 1866, altra soppressione, voluta dallo Stato sabaudo, in occasione dell’unione d’Italia. Anche questa volta, almeno alcuni frati vi restarono, più o meno nascostamente, prendendo il convento in affitto dal demanio. Lo ricomprarono in proprio nel 1882. Intanto, la chiesa era stata riaperta al culto il 4 ottobre 1878. Durante il periodo della soppressione, essi avevano celebrato a porte chiuse, senza suono di campane; e la cittadinanza li aveva fortemente sostenuti
All’interno della chiesa, di semplicità francescana linda ed eloquente, si trova sull’altare maggiore, una tela con L’Annunciazione di Domenico Bruschi (1890), autore anche degli affreschi della “Cappella del Transito” nel santuario della Porziuncola.
All’interno del convento è stato allestito in modo permanente un presepe artistico che Don Juan Marì Oliva di Barcellona realizzò nel 1965. Raro esempio dell’artigianato tradizionale spagnolo, drammatizza i momenti più importanti della vita di Cristo, dalla nascita alla morte.
È possibile inoltre visitare il Planetario, situato nei pressi del convento.
Attualmente vi risiede una Fraternità che opera nel servizo parrocchiale e nella cura della Casa di accoglienza spirituale annessa allo stesso Convento.